Yavin savaşından yirmi beş yıl sonra, ilk saldırı dalgası derinden geldi. Yeni Cumhuriyet ne olduğunu anlamadı. Uzak gezegen Rhommamool’da, “Hayat’ın Kızıl Şövalyeleri”nin lideri olarak kılık değiştirmiş Nom Anor’un sayesinde Rhommamool ve komşu gezegeni Osarian arasında bir çatışma başladı. Aynı zamanda Nom Anor ölümcül bir Yuuzhan Vong hastalığını Mara Jade ve başka yüze yakın Cumhuriyet diplomatına bulaştırmıştı.

Bu küçük ama gürültülü olaylar arkasından gelen büyük ama sessiz bir şekilde ilerleyen işgalin görülmesini engelledi. İlk işgaller uzak gezegenler olan Belkaden ve Helska Sistemi’nde gerçekleşti. Komutan Da’Gara ve Yönetici Nom Anor’un komutasındaki Praetorite Vonglar isimli grup Helska IV’ü vahşice ele geçirdiler. Galakside yıllar sürecek bir yıkıma neden olacak savaş bu sayede başladı. Helska IV’ün ele geçirilmesi ile işgal dalgası tüm galaksiyi sarmaya başladı. Yuuzhan Vonglar Sernpidal gezegenini “Yo’gand’ın Çekirdeği” çekirdeği ile yok ettiler. Bu katliam sırasında gezegende Han Solo, onun oğlu Anakin Solo ve Cumhuriyet kahramanı Chewbacca vardı. Onlar sayesinde gezegenden milyonlarca insan kurtarıldı. Fakat Chewbacca Sernpidal yok olurken öldü. Bu olay kardeşi Han Solo’nun hayatını kökten etkiledi.

Praetorite Vonglar’ın başlattığı bu ilk dalga işgal sonunda Cumhuriyet’in kahramanları olan Luke Skywalker, Leia Organa Solo, Lando Calrissian ve en büyük kaybı vermiş olan Han Solo tarafından durduruldu.

 

Fakat savaş daha yeni başlamıştı. Kısa bir süre sonra asıl işgal filosu geldi. Saldırıya geçtiler. Bimmiel, Dantooine, Dubrillion, ve Obroa-Skai’nin dahil birçok gezegen işgal edildi. Bitki örtüsü ile galakside eşi olmayan Ithor gezegeni alev fırtınaları tarafından yutularak yaşanmaz hale geldi. İşgal edilen gezegenlerden kaçan mülteciler Yeni Cumhuriyet için büyük bir sorun haline geldiler. Yeni Cumhuriyet artık Yuuzhan Vong sorunun gözardı edemezdi. Çözüm yolları aranmaya başlandı.

Savaş tüm şiddetiyle devam ederken Yuuzhan Vonglar bu inançsız galakside bulunan en kötü varlıklar olarak düşündükleri Jedilar ile de yüzleşmişlerdi. Sayısız defalar Jedilar ve Yuuzhan Vonglar karşılaştılar. Yuuzhan Vong’un Güç ile bağlantısı olmadığı için Jedilar’ın Güç’ü kullanarak yaptıkları tüm saldırılardan kurtulabiliyorlardı. Bu savaş Usta Luke Skywalker’ın önderliğinde bulunan Jedilar’da da bölünmelere neden oldu. Kyp Durron gibi ateşli Jedilar, Yuuzhan Vonglar’a en az onların olduğu kadar vahşice saldırılmasını, bu işgalcilerin ezilmesini savunuyorlardı. Fakat Usta Skywalker ve diğer gurup bu tür bir yaklaşımın Jedi yoluna uymayacağına inanıyordu. Corran Horn ve Jacen Solo gibi Jedilar büyük zaferlere imza attılar.

Savaş tüm şiddeti ile devam ederken etkisiz kalan Yeni Cumhuriyet’in politik liderleri, Vonglar ile olan bu çatışmada Jedilar’ı suçlamaya başlamıştı. Jedilar’ın, kendilerinin en zorlu düşmanları olduklarını bilen Yuuzhan Vonglar, bu durumu gördüklerinde galaksiyi Jedilar’a karşı döndürmek için tüm Jedilar’ın avlanıp kendilerine teslim edilmeleri halinde işgali durduracaklarını iddia ediyorlardı. “Barış Taburları” bu sırada ortaya çıkmış bir organizasyondu. Bu organizasyon Yuuzhan Vonglar için Jedilar’ı yakalamayı görev edinmişti. Bu sayede savaşı kazanacaklarını inandıkları Yuuzhan Vonglar’ın yanında olacaklardı.

Ayrıca Yuuzhan Vonglar Huttlar’la bir anlaşma yaptılar. Bu antlaşmaya göre Huttlar’ın sınırlarından rahat bir şekilde geçebileceklerdi. Fakat galaksinin tüccarları olan Huttlar iki taraflı oynadılar ve Yuuzhan Vong filosuyla ilgili bilgiler Yeni Cumhuriyet’e verdiler. Yuuzhan Vong’a ihanet etmenin bedeli Huttlar için pahalı oldu. Yuuzhan Vong Nal Hutta’yı işgal etti. Hutt uzayının tamamen geçişe açılmasıyla Yuuzhan Vonglar Galaktik Merkezin uzak ucundaki Fondor’a saldırdılar. Saldırı sırasında Han Solo’nun yeğeni Thrackan Sal-Solo antik bir silah olan “Merkez Nokta İstasyonu”nu ateşledi. Bu Yuuzhan Vong filosunun tamamını yok ettiği gibi Yeni Cumhuriyet’in müttefikleri olan Hapan filosunun büyük bir kısmını da yoketti.

Duro’nun işgalinden sonra Savaş Lordu Tsavong Lah bir kez daha Yeni Cumhuriyet’e tüm Jedilar’ın yakalanıp teslim edilmesi karşılığında barış teklif etti. Yönetici Nom Anor Coruscant’a gelerek tüm Jedilar’ın teslim edilmesi karşılığında yapılacak barışa dair anlaşmayı Borsk Fey’lya’ya bizzat sundu. Galakside milyonlarca ölüme sebep olan, mülteciler sorunu nedeniyle politik ve ekonomik çok kötü sonuçları olan bu savaş yüzünden galakside Jedilar’a karşı olan nefretin en fazla olduğu dönemde böyle bir teklif birçok hükümetin Yuuzhan Vong ile antlaşmaya varıp Jedilar’ın avlanması için yardım etmelerine yol açtı. Hatta Yeni Cumhuriyet bile geçici olarak da olsa Jedi Ustaları Luke Skywalker ve Mara Jade Skywalker’ın tutuklanması için emir çıkardı. Bu sırada Barış Tugayı Yavin IV’deki Jedi Akademisi’ne, burada eğitim gören çocukları yakalamak için başarısız bir saldırı yaptı. Durum Yuuzhan Vonglar’ın da gelmesiyle akademide olan az miktarda Jedi için oldukça karıştı. Yuuzhan Vonglar bir Jedi çırağı olan Tahiri Veila’yı kaçırdılar. Onu kendileri gibi “biçimlendirmek” için bir deneye başladılar. Fakat deney sonuca ulaşmadan Han Solo’nun oğlu ve Tahiri’nin çok iyi bir arkadaşı olan Anakin Solo onu bir Utanılan olan Vua Rapuung’un yardımıyla kurtardı.


Bu olay sayesinde Yuuzhan Vong toplumunun en alt tabakası olan Utanılan’lar arasında Jedilar’a olan bakış tamamen değişti. Utanılan’lar Jedilar’ı artık kurtarıcı olarak görüyorlardı. Daha üstün sınıflardaki Yuuzhan Vonglar bu görüşü yok etmek için ellerinden geleni yapsalar da Utanılanlar’ın Jedilar’a sempatisi giderek arttı.

Sonunda Yuuzhan Vong Yag’Dul’a sürpriz bir saldırı düzenleyerek bu kısa ateşkesi bozdu.


Kanlı savaşın ikinci yılında Yuuzhan Vong Jedilar’ı avlamak için yeni bir silah yarattı. Voxyn. Bu yaratıklar Mykyr gezegenindeki voxyn kraliçesinden klonlanıyorlardı. Anakin Solo bu tehdite karşılık bir Jedi saldırı takımı kurarak klonlama tesisine bir saldırı düzenledi. Saldırı zaferle sonuçlandı. Fakat Anakin Solo’nun hayatına ve erkek kardeşi Jacen Solo’nun Yuuzhan Vonglar tarafından yakalanmasına mal oldu. Onlarla beraber bu göreve giden Jedilar’ın yarısı ise görev sırasında öldü.

 

Bu sırada inanılmaz olan gerçekleşti ve Yuuzhan Vong galaksinin merkezi, başkent Coruscant’a saldırdı. Büyük ve kanlı bir savaştan sonra gezegen ele geçirildi. Bu sırada Başkan Borsk Fey’lya öldürüldü. Yuuzhan Vong Coruscant’a Yuuzhan’tar adını verdiler ve gezegeni kendi yaşayacakları şekilde biçimlendirmeye başladılar.


Coruscant’ın işgalinden sonra Mon Calamari gezegeni yeni merkez olarak seçildi. Cal Omas Borsk Fey’lya’nın yerine seçildi ve Jedilar’ın bu savaştaki rolünü daha kesin belirlemek için “Yüksek Konsey”i kurdu.

 

Bu sırada Yuuzhan’tar’ın tamamen biçimlendirilmesi, Vergere’nin yardımıyla kaçan Jedi Şövalyesi Jacen Solo’nun kölesi olduğu Dhuryam’ı etkilemesi yüzünden engellendi. Ayrıca Yuuzhan Vonglar bu yeni galakside gittikçe genişleyerek kurdukları imparatorlukta iç sorunlar yaşamaya başladılar. Utanılanlar arasında Jedilar’a duyulan sempati, yöneticiler arasında huzursuzluklar, sadece yıkıma dayalı olan toplum düzeni için yetersiz gelmeye başlayan kaynaklar…

Jedilar’ın saldırıları ve iç problemleri yüzünden zayıf düşen Yuuzhan Vonglar’a karşı Yeni Cumhuriyet bir saldırı hazırlamaya başladı. bu sırada Jedilar Yeni Cumhuriyet İstihbarat Servisinin “Kızıl Alfa” adında bir silah geliştirdiğini öğrendiler. Bu virüs tüm Yuuzhan Vonglar’ı ve onların yarattığı tüm organik teknolojiyi yok edebilecek kadar güçlüydü.

Jedilar böyle bir silahın asla kullanılmaması gerektiği konusunda Cal Omas’ı ikna etmeye çalışsalar da başarılı olamadılar. Fakat Vergere bu projeyi yok etti. Bu olay Jedilar ile Yeni Cumhuriyet arasındaki ilişkilerin bir kez daha gerilmesine neden oldu.

Yeniden konvansiyonel silahları kullanarak savaşmak zorunda kalan Yeni Cumhuriyet, Yuuzhan Vong filosunu yoketmek için yeni bir plan geliştirdi. Jedi Şövalyesi Jaina Solo yem olarak kullanıldı ve Yuuzhan Vong filosu derin çekirdekteki Ebaq IX ayına çekildi. Ebaq IX’un yüzeyinde Savaş Lordu Tsavong Lah Jaina Solo tarafından öldürüldü. Jedi Şövalyesi Vergere ise kendi hayatı pahasına yüzeydeki Yuuzhan Vong birliklerini yoketti.

Zaferden sonra Cal Omas yeni bir anayasa çıkartıp senatoyu feshetti ve “Bağımsız Müttefikler Galaktik Federasyonu”nu kurdu.

Ayrıca Galaktik İttifak’ın kahramanları Han Solo, Leia Organ Solo ve İkiz Güneşler Takımı güçlü müttefikler bulma arayışına girerken, Jedi Ustası Luke Skywalker ise efsanevi gezegen Zonama Sekot’u bulabilmek için “Bilinmeyen Bölgeler”e gitti. Bu sırada Jedilar İmparatorluk Kalıntıları’na karşı yapılan bir Yuuzhan Vong saldırısını bozguna uğrattılar. Bu sayede güçlü bir müttefik kazandılar.
Bu sırada Yuuzhan Vong Nom Anor, Mesih Yu’Shaa olarak kılık değiştirip eski Coruscant, şimdiki Yuuzhan’tar’da yaşayan Utanılanlar’ın arasındaki aykırı görüşleri kışkırtmaya başlamıştı. Ebaq IX görevini önerdiği için Yüce Lord Shimrra’nın tüm öfkesine maruz kalan Nom Anor, şimdi bir Utanılan kılığında dolaşıp, İşçi Sınıfı arasında oldukça fazla takipçi topluyordu.

Luke Skywalker ve arkadaşları Bilinmeyen Bölgeler’de, özellikle Zonama Sekot hakkında bilgi edinmek için Chiss uzay sahasına girmeyi planlıyordu. Bu sırada, Han ve Leia'nın takımı Bakura’ya gidip buradaki işgale karşı savaşıyorlardı. Chissler’le ittifak kuran Jedilar, Chiss kütüphanelerinde bilinmeyen gezegeni aradılar ve başarılı oldular. Fakat bulduklarında geç kalmışlardı, çünkü Yuuzhan Vong savaşçıları da oradaydı. Zonama Sekot, Yuuzhan Vong savaşçılarını geri püskürtmeye çalışırken, Jedilar gezegene indiler ve yaşayan gezegeni kendilerine yardım etmesi için ikna etmeye uğraşırken, Han Solo ve Leia Organa Solo gezegendeki bir haberleşme istasyonunu yeniden çalışır duruma getirme denemeleri yapıyorlardı.
Hâla kılık değiştirmiş bir halde dolaşan Nom Anor Zonama Sekot hakkındakileri duyunca Biçimlendirici Nem Yim, Rahip Harrar ve Jedi Şövalyeleri Corran Horn ve Tahiri Veila ile Zonama Sekot’a ulaşmayı başardı. Gezegene indiklerinde Nom Anor, Nem Yim ve Harrar’ı öldürdü ve gezegenin hiperuzay motorlarını sabote etmeye çalıştı. Jedilar sabotajı veya Nom Anor’un kaçmasını engelleyemediler fakat Yaşayan Gezegen Zonama Sekot yaptığı hiperuzay sıçraması ile Yuuzhan’tar ile aynı yörüngeye oturdu.
Bu olaylar sırasında Zonama Sekot ile Yuuzhan Vonglar’ın gerçek başgezegeni Yuuzhan’tar arasındaki ilişki açığa çıktı. Zomana Sekot’un teknolojisi burada yaşayan canlılar ve Yuuzhan Vonglar’ın sahip oldukları arasındaki benzerlikle Zonam Sekot’un Yuuzhan’tar’ın bir parçası olduğu gerçeğini ortaya çıkardı. Aslında eski Yuuzhan’tar’daki hayatın kaynağı Zonama Sekot idi.

Savaş devam ederken Bağımsız Müttefikler Galaktik Federasyonu Coruscant’ı geri almak için bir saldırı başlattı. Savaş çok şiddetli geçti. Sonunda, aslında Yüce Lord Shimrra’nın Güç’e duyarlı bir Utanılan olan Onimi’nin kontrolüdeki bir kukla olduğu ortaya çıktı. Savaş sırasında ikisi de öldürüldü. Coruscant geri alındı.
Beş yıl süren savaşın sonunda yeni Yüce Lord Nas Choka tüm Yuuzhan Vong savaşçılarının teslim olmasını emretti. Yuuzhan Vonglar Zonama Sekot’a yerleştirildiler. Yapılan antlaşmanın şartlarından biri olarak Coruscant’ın yeniden inşa edilmesini yardım ettikten sonra Zonama Sekot Bilinmeyen Bölgeler’e doğru gitti. Sınıf sistemin terk ettiler ve Zomana Sekot’un yerlileri ile ortak bir yaşama başladılar.
Fakat Borsk Fey’lya’nın ölümün asla unutmayan Bothanlar Yavin Savaşından otuz altı yıl sonra Zonama Sekot’u bulup tüm Yuuzhan Vonglar’ı yok etmek için bir ar’kai ilan ettiler. (Düşmanın tamamen yokedildiği savaş) Bilinmeyen Bölgeler’e gezegeni bulmak için filolar gönderdiler. Fakat Galaktik Fedarasyon bunu engelledi.

Yuuzhan Vong savaşları galaksinin bu güne kadar gördüğü en büyük çaplı yıkımdı. Altı milyar nüfuslu 61,000 uygar gezegenin nüfusuna eşdeğer bir can kaybı oldu. Uğranan maddi ve manevi zararın bir karşılığı yoktu. Olaylar yüzünde galakside yeni kurulan ittifak büyük yaralar aldı. İttifak ile Jedilar arasındaki ilişkiler soğudu.