Lucas: "Ölüm Yıldızı’nın planlarını çıtlatmam Bölüm 2 ile ilk üçleme arasında bağlantı kurmamı sağladı. Bu sahne aslında Kont Dooku'nun bir şekilde savaşın ortasından uzaklaşması amacıyla düşünüldü. O gezegenden kaçarken savaş devam edecekti."

Yerde Klon ordusu ile ayrılıkçıların droid orduları arasında savaş devam ederken Obi-Wan, Anakin ve Padme bulundukları Gunship'ten Dooku'nun Geonosian Speederı ile kaçmakta olduğunu görüp,onu takip etmeye başlarlar. Dooku'nun işareti ile ona eşlik eden iki savaşçı Gunship'in arkasına geçerek ateş etmeye başlarlar.Gunship'in isabet alması ile Padme gemiden düşer Anakin gemiyi durdurarak Padme'yi kurtarmak ister. Fakat Obi-Wan böyle bir harekette bulunması halinde Jedi düzeninden atılabileceğini Padme'nin onun yerinde olması halinde devam edeceğini söyleyerek ikna eder. Padme'nin düşüşünü takip eden bu sahne önemli bir değişim geçirerek Ocak ayında filme aktarıldı.

Lucas: "Bu kısım orijinal senaryoda vardı. Ama ben çıkarmadım. Çünkü yazdıklarım yeterince ilerlememişti, sahne de yeterince açık değildi. Daha sonra yeniden baktığımda bu kısmın yeterince güçlü olmadığına karar verdim ve hepsini çektik. Filme tekrar bakınca fark ettik ki bir sonraki Anakin ve Obi-Wan arasındaki sahnede Dooku'nun karşısına çıktıklarında yeterli duygusal tepkiyi göstermediler. Biz burayı çıkartmıştık ve bundan dolayı önceki sahne olmadan onlar arasındaki aşırı kızgınlığın nereden geldiği belli olmuyordu. Bu yüzden bu sahneyi yeniden yazmaya karar verdim ve yeniden filme aktardım. Daha kuvvetli ve açık olmasına dikkat ettik. Anakin Padme'nin peşinden giderse Jedi düzeninden atılacaktı. Onun böyle bir seçme şansı olduğunu açıkça belirtmeliydim. Anakin ya Jedi düzeninde kalacak ve Dooku'nun peşinden gidecek ya da Padme'nin ardından gidecek ve Jedi düzeninden atılacaktı.

Padme konusunda Anakin ve Obi-Wan'ın tartışması bitmiştir. Dooku gezegenden ayrılmak için gizli hangarına gitmektedir. Bu hangar Solar yelkenliye ev sahipliği yapmaktadır. Hangar sanat departmanının en büyük seti idi.25 feet yerden yüksekliği ile mekan o kadar büyüktü ki setin ancak yarısı fiili olarak oluşturulabildi, diğer yarısı ILM tarafından dijital olarak eklendi. Büyük bir yelkenliden yola çıkılarak yaratılan Solar yelkenli Lucas'ın ilk senaryo denemelerinde bile vardı. Lucas: "Uzun zaman önce Solar yelkenli gibi bir şey istiyordum. Geonosis gezegeninin içerisinde güzel görünüyordu."

Geminin çekimler için gerekli fiili bölümü inşa edildi. Çünkü Dooku'nun Anakin,Obi-Wan ve Yoda ile dövüşlerinde gemi hangarda duruyordu.Bu gemi 70 feet uzunluğu ile bir filmde inşa edilen en büyük fiberglas yapıdır. Rick McCallum: "Gavin cesur ve cüretkar Solar Yelkenli tasarımını ortaya atmıştı. 8 haftalık yapım sürecinden sonra herkes gururluydu. Onu filmden sonra yok etmek berbat birsey olurdu. Fox bu gemiyi saklama kararı aldı."

Gemisi ile kaçmak üzere olan Dooku Obi-Wan ve Anakin ile karsılaşır. Ustasının beraber saldırmaları uyarısını dinlemeyen Anakin Dooku'ya saldırır. Dooku onu kolayca etkisiz hale getirmiştir, ama bu uzun sürmeyecektir. Nick Gillard: "Dooku dövüşünün yazımında bir problem vardı. Hem Obi-wan hem de Anakin usta kılıç ustalarıydılar. Fakat Dooku çok daha iyi. Bunun önemli olduğunu göstermek zordu ve seyirci dövüş suresince olanlardan emin olmadan Dooku'nun hala yeterince tehlikeli sunulmadığından emin olmalıydı."

Işın kılıcı dövüşleri Christopher Lee'nin Bölüm 2-Klonların Saldırısı’nda en çok uğraş verdiği çekimlerdendi. Lee: "Ben belki de tarihteki hiçbir aktörün kullanmadığı kadar kılıç ve bıçak kullanmışımdır. Fakat bu dövüş her şeyden daha büyüktü. Fiziksel olarak birçok hareketi yapamıyordum. 79 yasındayım, ellerim ve kollarım hala çok hızlı hareket edebiliyor. Fakat ayaklarım için ayni şeyleri söyleyemem. Bazı sahnelerde birkaç olağanüstü hareketi benim yaptığımı görüyorsunuz. Bunlardan birçoğunu dublörüm gerçekleştirdi. Mükemmel performans gösterdi."

Aksiyon sahnelerinin çoğunda dublörün yüzünün yerine ILM tarafından Lee'nin yüzü eklendi. Lee: "İnanılmaz hareketleri yaparken benim gibi görünüyordu. Bu mükemmel sahneleri ekranda daha önce görmemişsinizdir."

Anakin'i dövüşün dışına atan Dooku Obi-Wan ile olan mücadeleyi de onu yaralayarak sona erdirdi. Obi-Wan'ı öldürmek üzereyken Anakin son anda ustasının yardımına yetişir Dooku ile yeniden ama bu sefer daha kontrollü dövüşmeye başlayan genç Jedi Dooku'nun kolunu kesmesine engel olamadı. Ve hangarda galaksinin en iyi kılıç kullanan figürü kendisini gösterdi. Yoda ve Dooku arasında güç ve kılıç yetenekleri sergilenmeye başlandı.

Lucas: "Yoda-Dooku dövüşünün görüntü konsepti uzun zaman önce aklımdaydı. Fakat ne kadar iyi olacağını bilmiyordum. Bunun ne kadar imkansız olduğunu biliyorduk. Sadece iyi olacağını umuyorduk. Ve başarılı bir şekilde yaptık.” Rob Coleman: "Yoda-Dooku düellosunu Lucas ile uzun süre konuştuk. Yoda'nın nasıl hareket edeceğini yani savaş sanatlarını ya da her ne ise yapacaklarını tartıştık. Benim düşüncem Yoda'nın odanın ortasında durması ve sadece gücü kullanarak Dooku ile dövüşmesiydi. Fakat George onun daha aktif olmasını istiyordu. Fiziksel yönünün önde olduğu bir şov istiyordu. Bunu geliştirmemiz gerekiyordu. İki düşman arasındaki mücadeleyi görüntülemek zordu. Biri 80 yaşında bir adam diğeri 3 feet boyunda 800 yasındaki bir yaratıktı."

Dooku Yoda'nın karşısında daha fazla dayanamayacağını anlar. Ölüm Yıldızı’nın planlarını Darth Sidious'a götürmesi gerekiyordur. Kaçarken hangardaki kolonlardan birinin desteğini güç yardımı ile kırmıştır ve gemiye girerken yerde yaralı olarak yatan Obi-wan ve Anakin'in üzerine düşmektedir.Bu noktada Yoda tribünü havada yakalar ve güç yardımıyla başka bir yere düşmesini sağlar. Dooku solar Yelkenlisi ile Geonosis'den ayrılır.Bu sahnedeki Solar Yelkenli tamamen bilgisayar ürünüdür.

Filmin final sahnelerinden biri Dooku'nun Coruscant'daki gizli hangarda Darth Sidious ile buluşması ve ona klon savaşlarının başladığını bildirmesi. Bocquet ve ekibi Geonosis hangarı setini kullanarak farklı acılar ve daha çok Coruscant tasarımı kullanarak bu hangarı yarattılar. Bocquet: "Setin çevresini değiştirerek geminin daha büyük ve farklı bir açıdan görünmesini sağladık. Ayrıca zemin ve mimari ayrıntılarında değişikliklere gittik."

Coruscant'ın çevre görünümü dijital matte painting ile yapıldı. Çok daha fazla dijital işlem devam eden sahnelerden olan Palpatine, Bail Organa ve Mas Ameda'nın balkondan onbinlerce klon birliğinin gemilere binişini izledikleri sahnede kullanıldı. Bu balkon Padme'nin dairesinin yaratıldığı set yeniden döşenerek yapıldı. Bocquet: "George, Padme'nin apartmanında bir balkon istemişti. Fakat filmin yapımı suresince bunu niçin kullanacağını söylemedi. En sonunda şöyle dedi: "Filmin sonunda bir balkon sahnesi niye kullanmayalım” ve kullanmıştık."

İki saatlik filmin bir başka finali olan Padme-Anakin evliliği aynı zamanda bir seremoniydi. Biggar ve ekibi Padme için mükemmel bir gelinlik tasarlamışlardı. Biggar: "Gelinlik çok önemliydi. Çünkü bu özel bir evlilik. George elbisenin büyük ve gösterişli olmasını istemedi. Basit formda ve temiz hatlara sahip olmalıydı. Avustralya'daki bir antikacıda 100 yıllık bir yatak örtüsü buldum. Çok hoş ipek nakışlarla panelleri birleştirdim. Gelinlik bembeyaz değil bu daha antik bir his veriyor.” Portman bu sahnede Edwordion stili bir baslık giydi.

İki yeni evlinin öpüşmesi yıldız savaşları efsanesinin en romantik sonuydu. Bazı sinema versiyonlarında evlilik sahnesinde Padme Anakin'in protez elini tutuyor bazılarında ise bu ufak ayrıntı yok.

60 çekim günü ve binlerce mil uçuştan sonra Lucas ve McCallum Skywalker Çiftliğine döndüler. Filmin montajı yapılacak ve ILM'in yarattığı efektleri ile çekimler birleştirilecekti.