Hem zaman hem de bütçenin zorlaması ile Bölüm 1-Gizli Tehlike'de Neimodianlılar oyuncular tarafından maskeler kullanılarak canlandırılmıştı. Şimdi ise tamamen bilgisayar yardımı ile oluşturulan Geonosianlılar vardı. Konsept bu yaratıkların ilistrasyonlarını yaparken termitleri referans aldı.

Lucas Geonosianlıları iki farklı kast sisteminde ele aldı. Seçkinler ve isçiler. Rob Coleman: "Seçkinler uçamıyorlardı. Bu yüzden bunların çalışması düşünülemezdi. Yaban arılarına benzer bir yapıları vardı”Geonosis'in arşidükü Poggle The Lesser Kont Dooku'nun emrinde çalışıyordu. Nute Gunray da askeri açıdan destek vermekteydi. Diğer ayrılıkçılar ise Galaksideki bu yeni oluşuma askeri ve parasal desteklerini veriyorlardı. Bu ittifakı öğrenen Obi-Wan Coruscant'a haber verirken yakalandı.

En sonunda efsanevi Kont Dooku ile yüz yüzeydi. Eski bir Jedi olan Dooku Sith lordu olmuş ve Darth Tyranus ismini almıştı. Lucas'ın hikayesinde bu önemli bir noktaydı. Lucas: "Jedi düzeninden ayrılan birine ihtiyacım vardı.Ayrıca Darth Sidious Darth Maul öldükten sonra birine ihtiyaç duyacaktı. Bu ayrılış ileride Anakin'in de başına geleceğinden önemliydi."

Filmin hikayesinin gelişiminde Lucas önceleri kadın bir Sith savaşçısı düşünmüştü .Konsept de bu düşünce doğrultusunda bir çok çizim yapmıştı. Lucas daha sonra oldukça yaşlı bir erkek karakter duşündü. Konsept çizimleri eline geçtiğinde 200'ü aşkın filmde rol almış karizmatik aktör Christhopher Lee'nin bu rol için uygun olacağını söyledi. Robin Gurland: "Christhopher Lee ve menajeri ile Londra'da 3 saatlik muhteşem bir yemek yedik. Kariyeri sinema tarihi gibiydi ve bazı anılarını anlattı. Tamamen etkilenmiştim."

Lee'nin yeni filmde oynamasının ironik bir yanı da vardı. Bölüm 4-Yeni Bir Umut'ta Grand Moff Tarkin'i canlandıran Peter Cushing ile Christhopher Lee 1950 'li yıllarda birçok filmde birlikte oynamışlardı. Dönemin korku filmlerinde yer alan ikili belki gerçek yaşamda artık buluşamazlardı ama efsanenin içinde yerlerini alacaklardı Lee: "Yeni üçlemenin ilk filmi kimsenin görmediği kadar farklıydı. Beni gerçekten büyülemişti. Sonraki iki film için beni çağırabileceklerini söyledim. George'un kafasındaki düşünceler olağanüstüydü. Ona hürmet ediyorum."

Lucas Lee'nin rolü kabul etmesinden sonra eski bir Jedi'ı oynayacağını söyledi. Lee: "Lucas beni Londra'da ilk aradığında çok eğlenceli bir iş olacağını söyledi. Oldukça zor bir çalışma donemi geçirdikten sonra bile gülebiliyordum. İnsanlar genellikle zamanın para ile orantılı olduğuna inanırlar. Bu sefer kendimi eğlendiriyordum. Genelde benden 60 yaş küçük aktörlerle çalışmam. Bu çok farklı bir deneyimdi."



En genç oyunculardan 14 yasındaki Daniel Logan bir gün sette Lee'ye rastladı ve sordu; "Sanırım seni bir filmde gördüm”Deneyimli aktör Logan'a gülümsedi ve şu cevabı verdi; "Evet 247 filmde yer aldım, bunlardan birinde beni görmüş olabilirsin."

Obi-Wan'ın alıkoyulduğu hücredeki Dooku ile olan konuşmaları 2001 Mart’ında Ealing Stüdyolarında çekildi. Dooku hakkında bilgiler kütüphane sahnesinden bu sahneye ertelenmişti Lucas: "Orijinal senaryoda yer alan Geonosis'de gecen Padme ile Dooku arasındaki konuşmayı çekmiştik. Fakat politik ve filozofik olan bu bölümü kestim. Dooku'nun sadece Obi-Wan ile konuşması yeterli olacaktı."

Padme ve Anakin Geonosis'e varırlar ve Obi-Wan'ı aramaya başlarlar. R2-D2 ve C-3po da ikilinin ardından gemiden çıkarlar. Yıldız Savaşları’nda aralarında büyük bir bağ olan bu iki karakter Bölüm 2'de de birliktedirler. Don Bies: "Benim için çekimlerin en güzel günüydü Çünkü R2-D2 ve C-3po orijinal formlarında tekrar setteydiler ve George yeniden yönetiyordu. Herkes bu ilginç anları bekliyordu.Aynı zamanda biraz endişeliydim. R2-D2 çekim öncesinde çalışmıyordu. Kendimi ispat etmek zorundaydım. Sonunda çekimlerde bir problem çıkmadı."

R2-D2 C-3po'yu kapıdan aşağı iter. Fabrikadaki büyük üretim droidlerinden biri C-3po'yu yakalar. Bundan sonra C-3po'nun başına birtakım aksilikler gelecektir. R2-D2 ise son anda Padme'nin yardımına yetişerek onu kurtarır.

Lucas için önemli sahnelerden biri olan droid fabrikası sahnesi için konsept aylar süren çalışmalar yapmıştı. Lucas: "En sonunda filmdeydi. Dooku-Padme konuşmasını bu sahnenin alması filmin hareketlenmeye başladığının habercisiydi. Droid fabrikası sahnelerinin başındaki köprüsüz kapı sahnesinde orijinal filmdeki Luke-Leia'nın karsılaştıkları durumun bir benzeri var."

Konsept tasarım sorumluları Erik Tiemens ve Ryan Church'un çizimleri üzerinde çalışan ön görselleştirme ve efekt sorumlusu Don Gregoire droid fabrikası sahnelerini yarattı. McCallum: "Fabrika sahneleri George'un kafasındaki önemli sahnelerdendi. Animasyon ile ortaya böyle bir sahne çıktı. Muhteşem olmuştu.”Fabrika sahneleri Mart ayında tamamlandı. Çekimlerde tamamen mavi ile kaplanmış ortamlar kullanıldı. Ortam daha sonra bilgisayarda yaratıldı.

Geonosianlılar tarafından yakalanan Anakin ve Padme Obi-Wan ile birlikte arenada infaz edileceklerdi. Arenaya çıkan tünelde Padme Anakin'e duygularını açıklar. Ben Burtt: "Bu an çok önemliydi. Beraber savaşmışlardı ama bu son anlarıydı. Yazım ve çekimi uzun olan bir sahneydi. Çok fazla diyalog vardı. Bizim için önemli olan kısmı dışındaki diyalogları filmden çıkardık."

İkilinin arenaya girişlerinden sonra savaş başlayacaktır. Padme, Anakin, Obi-Wan, Jedilar, Klon Ordusu ile ayrılıkçılar arasındaki arenadaki çarpışma için bir animatik yapıldı. Lucas: "Önce animatikleri yaptık.Bunların üzerinde çeşitli düzeltmelere gittik. Bu işlemler bir yıldan uzun bir zaman aldı. Bu noktada ILM bütün arka planları ve final animasyonlarını yarattı. Bazı öğeler üzerinde yeniden konuşup çeşitli kesmeler yapmak zorunda kaldık. Çünkü 2002 Mart’ında bu işin bitmesi gerekiyordu ve en son aşamada yapmamız gereken işler için zaman gerekiyordu."

Bölüm 1-Gizli Tehlike'deki Pod yarışlarındaki kalabalık izleyiciyi grubu gibi bu sefer de aynı ırktan çok daha kalabalık topluluğun benzerini yaratmak gerekiyordu. ILM'in görüntü efekt teknisyenleri fiziksel arena minyatürleri ve seti bilgisayar yardımı ile genişleterek kalabalık Geonosianlıları arenaya yerleştirdiler. Canlı çekimlerin yapıldığı orta bölüm, Dooku ve diğer ayrılıkçıların arenayı izlediği yerler ile görüntü efektleri birleştirildi.

İnfaz için farklı özelliklere sahip 3 yaratık eski Roma'daki dövüşleri andıran bir şekilde arenaya alındılar. Üçü de Lucas ve Konsept ekibinin hayal güçlerinin ürünüydü.ILM bunlara 3 boyutlu bilgisayar animasyonları ile hayat verdi. Rob Coleman: "İdam arenasındaki yaratıklar çok vahşi olarak tasarlanmıştılar. Biz onları animasyonun imkanları içerisinde hayata geçirdik. Reek büyüktü ve kaslı bir yapısı vardı. Bu konuda endişelenmedik. Nexu konusunda düşünüyorduk. Çünkü pençeleri olan bu yaratık maketlerde kısa idi. İşini yapabilmesi için onu biraz uzun yaptık. Son yaratık olan Acklay'in 6 ayağı vardı. Başlangıçta her ayağı yapabileceğimizden emin değildik. İş bittiğinde hepsini hareket ettirebiliyorduk."

Anakin kendisine saldıran Reek'in üzerine zıplayıp rodeo stili ile yaratığa biniyor. Bu sahne tamamen mavi ile kaplanmış bir ortamda çekildi. Son aşamada tasarlanan Reek sahneye eklendi. Christensen: "Benim işim sürekli sarsılan aracın üzerinde kalmaya çalışmaktı. Pek çok defa düştüm. Nick Gillard bütün bu çekimlerde yanımdaydı. Her düştüğümde yanıma gelip iyi olup olmadığımı soruyordu.”Arkasındaki sütunun üzerine çıkan Padme Nexu ile mücadele ediyordu. Obi-Wan'a ise belki de yaratıkların en büyüğü ve korkutucusu Acklay düşmüştü.

Mace Windu Ayrılıkçıların bulunduğu bölüme gelerek Dooku ve Jango Fett'in önünde kılıcını acar. Bu bir işarettir.Arenanın çeşitli yerlerindeki yüzlerce Jedi ışın kılıçlarını açmaya başlamışlardır. Artık savaş başlamıştır. Savaş droidleri arenaya girmeye başlarlar. Bu savaşın sonunda Jediların birçoğu ölecektir. Arenadaki bu savaş için birçok kombinasyonlu canlı çekimler yapıldı. Daha sonra bilgisayarda yaratılanlarla birleştirildiler. Yapım surecinde Nick Gillard arenadaki savaşın ışın kılıçları ile ilgili bölümlerine yönelik bir koreografi yazdı, bu storyboardlara eklendi.


Gillard: "Hiçbir filmde olmadığı kadar büyük savaş sahneleriydi. Avustralya'daki eskirim ve kendo okullarına gittim. 75 kılıç dövüşçüsü ve dublörler ile bir bölüm oluşturduk ve çalışmaya başladık.” Gillard'ın ekibi ile hareketli sahneler çekildi. Duvardan düşenler, ışın kılıcı ile dövüşenler ve havada uçanların göründüğü sahneler ILM'e gönderildi. Yaratılan dijital savaş droidleri, arkada olanlar ve diğer efektler hareketli çekimlere eklendi.

Lucas Samuel L.Jackson'a yapım öncesi Bölüm 2'de birebir dövüş sahnelerinin olduğunu söylemişti. Jackson: "Bütün hayatim boyunca dövüş filmleri izledim. Her zaman 'The Crimson Pirate'daki Burt Lancaster'ın kılıçla bir gemiden diğerine atlayıp insanların kafasını kestiği gibi bir rol oynamak istedim. Senaryoda Mace Windu'nun sadece droidlerle dövüşmeyecekti Jango Fett ile de bire bir dövüşü olacaktı” Jackson Nick Gillard ile uzun bir süre hazırlandı. Jackson: "Nick Gillard ile birlikte ilginç dövüşler çalıştık.” Ewan McGregor'un Nick Gillard ile çalışma dönemi daha kısa oldu. Çünkü Bölüm 1 döneminde de beraber çalışma fırsatı bulmuşlardı. Hayden Christensen filmin çekimlerinin başlamasına bir ay kala çalışmalara başladı. Çünkü bu konuda acemiydi. Gillard: "Hayden ve ben her gün sabah 2 öğleden sonra 2 saat çalıştık. Hokey ve tenis oynadığından atletikti ve dengesi çok iyi idi. Çalışmalar sona erdiğinde Hayden'in Avustralya Epee şampiyonunu bile yenebileceğini söylüyordum."

Hayden Christensen: "Nick gözalıcı bir adam. Saatler boyunca bütün bir dövüş boyunca ışın kılıçlarının gelmesi gereken açıları düşünüyordu. Farklı yapıdaki dövüş sanatlarını kılıç dövüşlerini ve Jedi'ların dövüş stillerini harmanlıyordu. Setteki ilk günümde ışın kılıcımı alıp hareketler yapıyordum. Ayni zamanda ışın kılıcının sesini çıkarmaya çalışıyordum. Çok eğlenceliydi. Sesin bana sonradan eklenebileceğini söylediler."

Üç ışın kılıcı dışında diğerleri standarttı. Anakin Skywalker, Kont Dooku ve Mace Windu için yeni tasarımlar yapıldı. Yeni tasarımlar Ty Teiger ve departmanı tarafından gerçekleştirildi.Teiger: "Kont Dooku'nunki dar ve uzun bir kılıçtı. Arka tarafi bükülmüştü. Mace Windu'nunki pirinç ve altından yapıldı. Böyle bir kılıcı daha önce görmemişsinizdir. Anakin Skywalker'ınki ise Darth Vader'ın orijinal kılıcı temel alınarak yapıldı."

Dooku'nun işareti ile Savaş Droidleri son kalan Jediları yok etmek üzereyken 6 Cumhuriyet GunShip'i arenanın üzerinde görünür. Klonları getiren Yoda’dır. Jediların gemilere binmesini sağlarlar. Ve Klon savaşları başlamıştır.