John Knoll sahnenin dijital yönü için şunları söylüyor: "George bize her tarafı mavi olan bir sahne verdi.Platform'un yeri bile mavi ile kaplanmıştı. Karakterlerin hareketleri ve gölgelerini bilgisayar ile yaratmak zorunda kaldık Elimizdeki verilerin yetersizliği bu çalışmada bizi oldukça yordu."

Patlama sahnesi her ne kadar dijital efektlerle yapılsa da sahne çekimlerinde güçlü bir patlama etkisi vermek gerekiyordu. Görüntü Yönetmeni David Tatersall sette birbiri ile etkileşimli ışıklar tedarik ederek ve portakal rengi filtreler kullanarak patlamanın performansını artırdı. Enkaz ve duman sonrasında arttırılmış dijitallik ile patlamanın kotu tarafı desteklenmiş oldu.

Çekimlerin ilk günlerinde iniş sahnesi için Harvard'dan Avustralya'ya gelen Natalie Portman heyecanını anlatıyor: "Avustralya'ya geldiğimde çalışmalar gerçekten çok iyi gidiyordu. Yeni tecrübeler edinmeye başlayacaktım."

Palpatine'in konuşma sahnesinin çekimlerinde ekip set darlığından bazı problemlerle karsılaştı. Teknik ekipman olabildiğince sıkıştırılıyor ve çekimler için daha rahat çalışılabilecek alanlar yaratılmaya çalışılıyordu. Bölüm 1-Gizli Tehlike için yapılan podlar İngiltere’de idi, onların alınıp Avustralya'ya getirilmesinin maliyeti yeniden yapılmasına göre çok daha pahalıya mal olacaktı. Yeniden yapılan podlar zorlukla sete yerleştirilebildi. Çalışma mekanının dar olması bu sahnenin farklı kamera acıları ile çekilmesi sonucunu doğurdu.

Senatoya girişteki set ise tamamen ILM tarafından yaratıldı.Bu hem alan hem de maddi acıdan tasarruf sağlıyordu. Aslında bunların da ötesinde yönetmenin daha özgürce çalışmasına imkan veriyordu. Rick McCallum Lucas'in sadece istediği sahnelerde bu yöntemin kullanıldığını söylüyor.

ILM senato salonunun arka planını Bölüm 1-Gizli Tehlike için 3 boyutlu olarak hazırlamıştı. Bunu Bölüm 2 için tekrar kullandılar. Fakat bazı ayrıntılar Pablo Helman tarafından yeniden modellendi.

Birinci yönetmen yardımcısı James McTeigue daha önce Bölüm 1'de yer alan oyuncularla Bölüm 2 için yeni gelen oyuncuların ve yapım ekibinin ilk günlerden başlayan uyumunu özetliyor: "Herkes yapması gerekenin ne olduğunu biliyordu"

İlk gün çekilen Palpatine'in pod üzerindeki konuşma sahnesini deneyimli oyuncu McDiarmid anlatıyor: "Senaryo son anda elime ulaştı. Senato sahnesinde uzun bir repliğim vardı. Her bir satiri ezberlemem için sadece 3 gün kalmıştı. Pod un üzerindeyken kamera sağdan çekime başlayacaktı. Set alanının küçük olması nedeniyle kamera ile aramızda çok az bir mesafe vardı. Yeni ekip ve yeni oyuncular Yıldız Savaşları Evrenine ilk defa giriyordu. Tüm bu düşünceler aklımda uçuşuyordu. Korkunun nezaketini kullanarak kendimi kontrol etmeyi basardım."

Sony ve Panavision'un yeni yüksek donanımlı kameraları Lucas Film'in isteği üzerine geliştirilmişti. Bölüm 1'de de dijital kamera kullanılmıştı fakat Bölüm 2 tamamı ile dijital çekilmek isteniyordu. George Lucas ve Rick McCallum'un filmi dijital çekmek istemelerinin en önemli nedeni; dijital efektlerin normal ekipmanla çekilmiş olan filme eklenmesinde verimlilik düşüyordu. Ayrıca Bölüm 1-Gizli Tehlike'de bu is için 2,5 milyon dolar gibi bir bütçe ayrılmıştı.Yeni ekipman ile dijital çekimler doğrudan bilgisayar ortamına aktarılabiliyordu. Film yapımının bütün çekim ve görüntü efektleri safhalarında işler tamamı ile dijital formatta yürüyordu.

Kameralar 5 yıllık bir zamanda geliştirildi. Yüksek donanım süpervisörü Fred Meyers kameraların geliştirilmesi sürecinde Lucas ile Sony arasındaki bağlantıyı oluşturdu Meyers: "Yüksek donanımlı kameraların filmler için kullanabilirliğini araştırdık. Bütün filmler saniyede 24 frame ile çekilir. Kameraların film yapımına adaptasyonu ile bundan sonra filmler saniyede 25-30 frame çekilebilecek."

David Tatersall: "İki büyük gelişme sağlanmıştı. Birincisi Sony kameraları geliştirdi. Diğeri Panavision iki yeni zoom lensi yarattı. Bu iki yeniliğin kombinasyonları ile artık her şeyi yapmamız mümkün."

Yüksek teknoloji ürünlerini ne yapmak için istediği Lucas'a sorulduğunda şu cevabı veriyor: "Doğru soru 'neden olmasın?' Bu teknikler artık daha ucuza film yapmamızı sağlayacak."

İlk günler kamera operatörleri için pek kolay olmadı. Hem yeni ekipmanlara alışmaya çalışıyorlar hem de bazı elektrik problemlerinin ortaya çıkardığı gecikmelerle uğraşıyorlardı. Zaman içerisinde yeni ekipmanlarla çalışmanın ne tür kolaylıklar getirdiğini teknik ekip ve operatörler dile getirdiler.

George Lucas ve Jonathan Hales'in senaryosundaki Padme'nin yeni pozisyonu senatör olarak belirlenmişti. Bu yeni pozisyon kraliçeye nazaran yeni filmde daha çok görüleceği sonucunu doğuruyordu. Natalie Portman bu durumdan oldukça memnundu. Çünkü yeni filmde daha serbest olabilecek daha rahat kıyafetler giyebilecek ve Bölüm 1'deki saatler süren koyu makyajlardan kurtulacaktı. Yeni rolü önceki pozisyonuna nazaran daha duygusal ve cezbedici olacaktı. Kısacası daha gerçek bir karakteri canlandıracaktı.

Padme'nin Coruscant'a gelişini takip eden sahnede Palpatine'in odasında Jedi Ustaları ile konuştuğu ve ardından Padme'nin ofise geldiği sahnelerde yaratıkları canlandıran aktörler 9 saatlik makyaja tabi tutuldular. Sabahın saat ikisinde başlayan makyaj ve gün boyu süren çekimler oldukça yorucu oldu. Gavin Bocquet ofis hakkında düşüncelerini anlatıyor: "Bu devasa bir ofisti. Palpatine galaksinin başı ise ofisi de mevkisi ile orantılı olarak büyük olmalıydı. George konsept tasarımlarından üçünün üzerinde durdu. Modellerden bunu seçtiğinde daha detaylı ve büyük şeklini yaptık. Modern sanat ile dekore edilen ofis Coruscant mimarisi ile uyumluydu. Renklendirmeyi Bölüm 1-Gizli Tehlike'deki apartmanındaki referansları göz önünde bulundurarak Lucas ile birlikte yaptık.Bölüm 1'de siyah ve gri Palpatine'in karanlık tarafa geçişini simgeliyordu. Bu filmde ofis için kırmızı, siyah ve gri kullandık. Bölüm 3'de kırmızıyı tamamen kaybedebiliriz. Her şeyi siyah yapıp tamamen karanlık tarafa geçişi simgeleyebiliriz."

Set dekoratörü Peter Walpole ve ekibi ofis içindeki masa,sandalye,koltuk ve diğer eşyaları geliştirdiler. Peter Walpole: "Bölüm 6-Jedi'ın Dönüşü’ndeki imparatorun koltuğuna benzeyen birçok tasarım yaptık. Bunlardan biri sanırım Bölüm 3 de kullanılacak."

Palpatine 'in ofis sahnesinde ilk defa Yoda görünüyor. Yıldız Savaşları efsanesinde ilk defa bir karakter tamamen bilgisayar yardımı ile yaratılıyordu. Önceki bölümlerde Yoda'yı kukla olarak ekrana yansıtan Frank Oz bu defa sadece seslendirme yapacaktı. Lucas Yoda'nın dijital olarak Bölüm 1-Gizli Tehlike'de de yer almasını istemiş; fakat o günkü Karakter Yaratma teknolojisi buna elvermemişti. Lucas: "Bölüm 1'de bunu gerçekleştirememiştik.Senaryoyu yazmaya başladığımda John Knoll ve Rob Coleman'a sordum 'Bu sefer yapabileceğimizi düşünüyor musunuz?' ve onlarda şöyle dedi 'Evet yapabiliriz. Bu defa daha ilerideyiz.' Ve sonra dedim ki 'Yoda'ya dijital olarak muamele edeceğim. Etrafta dolaşacak, ışın kılıcı ile dövüşebilecek.' Yoda'yı çok farklı bir biçimde ele alabilecektim.”

Rob Coleman ve ekibi çekimlerin başlamasına 5 ay kala "İmparator” filmindeki sahneleri kullanarak bilgisayar ortamında yeni bir Yoda yarattılar. Bu yeni dijital Yoda'yı Lucas'a gösterdiklerinde şu cevabi aldılar: "Evet. Geliştirin, hadi yapın!” Rob Coleman uzun süreli dijital Yoda serüveninde zorluklarla karsılaştıklarını söylüyor. Bunlardan en önemlisi kukla Yoda ile dijitali arasındaki sahne deneyimi ve görünüşteki farklılıkların yansıtılmasıydı. Ve Coleman "Bu Yoda'ya benzemiyor.”diyenlere cevap veriyor "Çünkü bu dijital."

Ofis sahnesindeki önemli karakterlerden biri de Anakin Skywalker ve Padme Amidala'nin kızı olan Leia'yı hikayenin devamında yetiştirecek olan Bail Organa idi. Samuel L. Jackson: "Jimmy ve ben yıllar önce ayni tiyatro oyununda yer almıştık. Onunla tekrar bir projede olmak güzeldi” Jimmy Smits yeni Yıldız savaşları filmi için menajeri ile temasa geçilmesine çok şaşırmış. Öncelikle Robin Gurland ile görüşen aktör son aşamada Lucas ile konuştu. Lucas Avustralya'ya gelip kendisi ile çalışmak isteyip istemediğini sorduğunda Jimmy Smits mutlaka orada olacağını söyledi. Aktör kendinin de bir Yıldız Savaşları fanatiği olduğunu böyle bir teklif karsında çok mutlu olduğunu söylüyor. Bazı kişilerle canlandıracağı karakter hakkında konuşmalar yaptı. Ayrıca Yıldız Savaşları ansiklopedisinden de yararlandı.

Ofis sahnesinde Palpatine Padme'yi koruması için Obi-Wan Kenobi'nin görevlendirilmesini istiyor. Ofis sahnesi son bulurken Anakin ve Obi-Wan'ın Padme'nin apartman dairesine asansör ile çıktıkları sahne geliyor.Bu sahne öncesinde ki Anakin-Obi-Wan diyalogu filmde yer almadı Lucas: "Bu ilk kesimdi.Obi-Wan ve Anakin arasında usta-çırak ilişkisi vardı. Başlangıçta ilişkinin sert başlaması çekimi izledikten sonra bana uygun gelmedi. Ve sahneyi asansörde gecen konuşma ile değiştirdim. İki karakter arasındaki tansiyon ileriki sahnelerde artmalıydı.”Yeni sahne Kasım 2001'de mavi arka plan kullanılarak çekildi.

Asansör sahnesinden sonra yeni bir mekana, Padme'nin dairesine geçiliyordu.Burası ana oturma odası ve yatak odasından oluşan bir apartmanda yer alıyordu. Birinci set bölümüne inşa edilen daire oldukça büyüktü. Gavin Bocquet : "Bölüm 1-Gizli Tehlike'de her şey daha büyüktü. Çünkü İngiltere’de ki Leavesden Stüdyolarını kullanıyorduk. Orada 100 feet uzunluğunda 120 feet genişliğinde mekanlar yaratabiliyorduk.”Dairenin tasarımında mavi ve altın renkleri duvarlarda kullanarak ve camlardan Coruscant manzarası yansıtılarak odaya genişlik katılmak istendi. Lucas özellikle gezegenin gündüzünün yansıtılmasını istedi. Hava trafiği ve arka plan tamamıyla ILM tarafından yaratıldı.

Portman apartman çekimlerini anlatıyor: "İlk başlarda sinirliydim. Korkuyordum. Çünkü bu Yıldız Savaşları idi.Ewan McGregor ve Ian McDiarmid gibi oyuncularla oynamak büyük şanstır On filmde yer almama rağmen hala tedirgindim. Fakat Hayden benim gibi değildi Kendinden emin sette yürüyordu. İnanılmaz bir aktör."

Hayden'in apartman çekimlerindeki kıyafeti diğerleri gibi Trisha Biggar tarafından tasarlandı. Biggar: "Jedilar genellikle kahverengi renkte kıyafetler giyiyorlardı. Fakat Anakin diğer Jedilar gibi değildi. Bu sahnelerde kahverenginin daha koyu bir tonunu kullanarak hazırladığımız kostümü kullandık.”Obi-Wan'ın kostümü Bölüm 1-Gizli Tehlike'deki ile ayni idi. Ewan McGregor Obi-Wan hakkinda şunları söylüyor: "Obi-Wan iyi bir adam. Aradan gecen 10 yıl onda fiziksel görünümü dışında değişiklik yaratmamıştı. Çalışırken sadece senaryo bana yetti."

Yıldız Savaşları Efsanesinin temaları içinde en göze çarpan yan her filmde yer alan usta-çırak ilişkisidir Luke Skywalker-Obi Wan Kenobi, Luke Skywalker-Yoda, ObiWan-Qui Gon Jin, Darth Maul-Darth Sidious.... Bu tema Bölüm 2-Klonların Saldırısı’nda Anakin Skywalker Obi-Wan Kenobi ile işlenecekti.Hayden Christensen: "Anakin Obi-Wan'i seviyor çünkü onun gözünde Obi-Wan baba figürünü temsil ediyor.Buna rağmen Anakin daha rahat hareket etmek istiyor."

Apartman sahnesinin ilk bölümünün ardından ödül avcıları Jango Fett ve Zam Wesell'in yer aldığı Coruscant gecesindeki konuşma geliyor. Zam Wesell iniş platformunda başarısız olmuştu. Jango bu sahnede Zam'e son bir şans veriyor. Lucas orijinal senaryoda yer almayan bu diyalogu Mart 2001'de Ealing Studyolarinda çekti. Lucas bu sahnenin tehlike ve tansiyonu arttıracağını düşünüyordu.

Robin Gurland Walsman'ı Sydney'deki bir oyunda izlemiş ve Zam Wesell karakteri için uygun bulmuş. Zam kadın görünümüne sahip değişken bir tür. İlk üçlemedeki Boba Fett'in babası olan Jango Fett'in Zam Wesell ile konuşmasının ardından tekrar apartman ortamına dönülüyordu.Rick McCallum: "Pek çok Yıldız Savaşları fanı Padme'nin yataktaki halini merak ediyordu. Henüz 15 yasındayken Bölüm 1-Gizli Tehlike'de beraber çalışmıştık .Aradan 3 sene geçmiş Natalie gelişmiş bir kadın olmuştu. Ailesi ile beraber yaşamıyor ve Harvard'a gidiyordu."

Obi-wan ile Anakin politikadan konuşurken R2-D2 da Padme'yi izliyordu.Droid Süpervisörü Don Bies R2-D2 üzerinde enerji kaynağı, görünüm ve işlevler acısından ILM ile ortak çalışma sonucunda Bölüm 1'dekinden çok farklı bir droid yarattıklarını söylüyor. Don Bies ve ekibi R2-D2'yu uzaktan kumanda ünitesi yardımı ile kontrol edilebilir hale getirdiler. 15 farklı sahnede yer alan R2-D2'yu daha önceki 4 filmde hareket ettiren Kenny Baker bu filmde sadece bir kere yer aldı Bazı sahnelerde ise tamamen dijital olarak kullanıldı. Ewan McGregor: "Padme'nin yatak odası sahnesinde R2-D2 tekrar sete dönmüştü Bu bütün çalışanlar üzerinde olumlu bir etki yarattı. Kızım onunla evlenmek istiyor. Bir gece onun için ağladı. Ben kişisel olarak R2 ile evlenmek istemem fakat o inanılmaz bir robot. George'un favori karakteri olduğuna inanıyorum."

Anakin ile Obi-Wan arasındaki konuşma devam ederken Zam'in suikastçı droidi Padme'nin yatak odasının camını keserek iki zehirli yaratığı odaya bırakıyor. Kouhun adındaki bu yaratıklar ILM tarafından yaratıldı. Kouhunlar Padme'nin yüzüne yaklaştıklarında Anakin ve Obi-Wan tehlikeyi hissettiler.Anakin son anda yaratıkları ışın kılıcı ile etkisiz hale getirdi. Obi-Wan ise hala pencerenin dışında duran ASN-121 droidinin üzerine atladı.

Padme'nin apartman dairesi sahneleri 3 günde tamamlandı. Lucas tek bir güne birçok iş sığdırabiliyordu. McTeigue bu performansı anlatıyor: "Bunun yapılması gerekiyordu çünkü çekmemiz gereken çok fazla sayıda sahne vardı. Bu tur bir çalışma film yapımında alışılmışın dışında. Hiçbir yönetmende bir gün içinde bu çekim performansını ve kurulum hızını görmedim. George gerçekten hızlıydı.Bir gün 56 kurulum çekti ki bu çok ender rastlanılacak bir durumdur."